令人五味杂陈的还有 “变异变体”的故事——这个变形金刚的逃生舱发生了事故，使得她不仅失去了变形能力，连语言和智力模块也受损，成了一个丑陋的残次品，只有原始兽一方的狂飙和巨无霸一方的闪电对她展示了善意。变异变体将这两人视作朋友，最终为了阻止他们争斗而牺牲了自己。
“变异变体”的现实寓意显而易见，她的存在让《超能勇士》的剧情高度达到了一个新的层次，也让“狂飙”这个邪恶疯狂的角色少见地展示了人性的一面变得更加丰满。从各方面来讲，这都是系列中最为经典的单集剧情之一，在《超能勇士》十周年发售的玩具套装里，变异变体也作为彩蛋存在，需要购买全套六款玩具才能凑齐组件，拼出一个变异变体的模型。
优异的剧本和精良的制作最终逆转了《超能勇士》的风评，让“变形金刚”系列迎来了第二春，似乎也让幕后的投资方再次飘飘然起来。
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之后的发展可说是又一次乐极生悲。
那些较有深度的剧情让《超能勇士》广受好评，但作品的成熟之处并非全是靠这些严肃的内容来体现。
《超能勇士》的故事发生在史前的地球，我们却能从中找到许多现代生活中人际交往的缩影，因此常看常新。
巨无霸这一边虽说是扮演了“追捕者”的角色，但成员大多是科研出身，只是临危受命被卷入了这场战争。虽说团结，但战斗水平低心理素质差，总是处于被动挨打的局面。身为领导的黑猩猩队长不仅要应对霸王龙的各种阴谋，还得安抚团队情绪，甚至担当老娘舅去调解队员间的矛盾。
蜘蛛勇士、闪电勇士还有黄豹勇士之间的三角关系给团队带来了不稳定因素，黑猩猩队长看在眼里，却又没什么解决办法
黑猩猩队长不是全能的，霸王龙也有自己的烦恼。手下的亡命之徒只有极少数对他忠心耿耿，总是各怀鬼胎，在关键时刻反水，也因此错失了好几次将巨无霸一网打尽的机会。但霸王龙始终表现得冷静自信，有着独特的领导智慧，时常能反过来利用手下的不忠给自己创造有利的环境，向观众展示了如何经营一个并不齐心的团队。
这种动态平衡让两个小队之间漫长的拉锯战变得合理而有趣，这样的剧情模式也对后世其他作品产生了深远的影响。
此外《超能勇士》中也常有对其他电影音乐等流行文化的致敬，藏了不少能引人会心一笑的彩蛋。正是这些接地气的内容，让剧集在严肃和幽默之间达成了一个巧妙的平衡，才成为一部老少咸宜的作品。
在《超能勇士》里能看到“科学怪人”“狼人”“西部牛仔”能千奇百怪的有趣要素
但投资方似乎并没想明白这一点。
在《超能勇士》喜获成功之后，孩之宝找到了新的编剧，让他们撰写一个更加严肃的科幻故事，甚至提出编剧们不必去看《超能勇士》，只需要构思全新的剧本。
编剧没有让他们失望，续作《猛兽侠》简直称得上是动画界的“硬派科幻”，从画面到故事都沉重压抑：重返塞博坦星的黑猩猩队长（在这作里成为了“猩猩将军”）一行人始终被霸王龙（这一作成为了“无敌龙”）所控制的机械大军围追堵截，前作中的一些队友甚至被洗脑成了敌人。
无敌龙夺取了赛博坦星，夺取了巨无霸队友们的火种，甚至夺取了猩猩队长曾经的身体
就连角色间讨论的也都是些“有机与无机之间的矛盾和共存”“自由意志在高科技社会中的意义”“高科技社会下的宗教”等晦涩议题，足以让屏幕前的小观众看得一头雾水。
从现在的角度来看，《猛兽侠》应该算是一部优秀的科幻动画，制作精良、剧情完整，形式与内容高度统一。唯一的缺点，就是它忘了自己是《超能勇士》的续作。
孩之宝起初对这部作品满怀信心，还想要继续制作下一季。但观众的批评声很快如潮涌来，大部分人并不能接受突兀的风格转变和角色们判若两人的性格变化，《超能勇士》好不容易构筑起来的品牌形象几乎再度毁于一旦。
续作计划就此搁浅，之后“变形金刚”系列又重回以G1为核心的发展路线。
